學校黨委高屋建瓴、準確研判國內外高等教育形勢和行業需求，狠抓辦學質量，各項事業呈現出快速協調發展的良好態勢。2002年，學校招生規模逐步穩定，著力貫徹“質量、結構、特色、效益”八字方針，將抓質量提升作為學校達到萬人規模之后的關鍵任務。學校黨委深入剖析學校以往辦學過程之中出現的矛盾和問題，2004年上半年在全校范圍內發起了“落實科學發展觀，加快學校改革發展步伐”的大討論，全校教職員工在一個月的時間內共提出了108條建議和意見，使得全校上下的思想得到了進一步的統一，為加快學校改革奠定了堅實的基礎。

同年，為進一步完善學校的發展戰略規劃，學校在邀請校內外14位院士對學校把關的基礎上，發動有關職能部門和各學院開展討論，再一次豐富完善學校發展戰略規劃，并且于2005年組織制定了《北京林業大學中長期發展規劃（2006-2020）》。為學校提出“三步走”的戰略構想搭建了思想基礎。

在2005年召開的第九次黨代會上，學校黨委從三個代表的重要思想高度，重新分析國家、高等教育和行業需求，明確了總體發展目標，正式提出了“三步走”的戰略構想，這對今后的辦學起到了重要的推動作用。

第一步，從2004年到2010年：重點提高本科生和研究生培養質量，成為本科教學工作優秀學校，積極擴大研究生教育規模，逐步提高研本比；建好特色學科，保證一般學科，發展新興學科，爭取新上2-3個國家重點學科，取得國家級重點實驗室建設的突破，力爭6個左右特色學科在國內領先，1-2個特色學科達到或接近國際領先水平；出幾個有重大影響的標志性科研成果；學校辦學條件有較大改善，綜合辦學實力有較快提高，實現從教學研究型大學向研究教學型大學的轉變。

第二步，從2011年到2015年：建成國內高水平的研究生院，積極培養以研究生為主的高層次創新性人才；國家級重點學科力爭達到國際領先水平，積極培育新的學科增長點，推出一批國際領先的科研成果，爭取新上國家級重點實驗室；形成一支學術實力強大的師資隊伍。綜合辦學實力居國內農林院校前列。實現從研究教學型大學向研究型大學的轉變。

第三步，從2016到2020年：在突出特色學科和重點學科的基礎上，進一步優化學科布局，建成門類較為齊全、特色鮮明、優勢突出的多學科體系；建成國內規模最大、水平最高的林科研究生創新人才培養基地，可持續發展能力顯著增強。初步實現將學校建設成為國際知名、國內高水平的多科性、研究型大學的目標。

為了順應時代的需求，學校在“十一五”期間，主動融入國家生態文明戰略大局，走特色發展之路。提出建設高水平林業大學、引領生態文明的發展方向，明確優先發展林木等可再生資源培育、生態系統保護與恢復、水土保持與荒漠化防治、園林與城鄉人居環境安全、生物質材料及能源、生態文化等六大重點領域，并通過積累長期的辦學經驗，凝練形成“知山知水，樹木樹人”的辦學理念。

2011年7月，學校成功召開第十屆黨代會，準確把握“十二五”時期機遇，加快戰略轉型，提出未來五年的辦學指導思想，即“堅持用科學發展觀統領全局，全面貫徹國家中長期教育、科技和人才發展規劃綱要，弘揚“知山知水、樹木樹人”的辦學理念，制定實施學校“十二五”事業發展規劃，以創新人才培養為根本，以學科建設為龍頭，以人才隊伍建設為突破，以體制機制改革為動力，以條件建設為支撐，以加強黨建和思想政治工作為保障，強化辦學特色，全面提升辦學水平，初步完成向研究型大學的轉型。”（A19）