進入新世紀以來，學校從制度入手，深化管理改革。學校科學謀劃發展藍圖，先后制定了《北京林業大學校園建設規劃》（2003年），《北京林業大學“十一五”發展規劃》（2007年），《北京林業大學“十二五”發展規劃》（2011年）以及《北京林業大學中長期發展規劃（2006年-2020年）》。在科學決策方面，學校堅持黨委領導下的校長負責制，出臺了《黨委行政工作制度》、《實施領導班子“三重一大”集體決策制度的規定》。在規范管理方面，學校出臺了《北京林業大學科技管理辦法（試行）》（2005年），《北京林業大學產業規范化建設實施方案》（2006年），《北京林業大學固定資產管理辦法》（2006年），《北京林業大學知識產權保護管理規定（試行）》（2006年），《北京林業大學采購大宗貨物、工程和服務招標管理辦法（試行）》（2007年），《北京林業大學“優勢學科創新平臺項目”建設管理辦法》（2008年），《北京林業大學“211工程”建設項目管理實施辦法》（2009年），《北京林業大學科技成果轉化管理辦法（試行）》（2011年）。在民主辦學方面，學校在校務公開廣泛開展的基礎上，統籌協調推進信息公開、校務公開和黨務公開，制定了《北京林業大學教代會聽證會議制度》（2006年），《北京林業大學信息發布會制度》（2006年），《北京林業大學信息公開實施辦法（試行）》（2010年），《北京林業大學關于印發信息公開有關工作規范和流程、做好信息公開工作的通知》（2010年），《北京林業大學關于進一步推進院務公開工作的實施意見》（2010年）2005年，學校還對全校規章制度進行了清理，收集562份，保留276份，廢止100份，并選擇238份規章制度匯集成《北京林業大學規章制度選編》，從制度上規范學校重大事項的運行。

學校進一步落實教授治學，健全校、院兩級學術委員會，分別于2005年和2010年兩次調整學術委員會，2010年出臺《北京林業大學學術委員會章程(試行)》、《北京林業大學學術委員會工作細則（試行）》、《關于制定北京林業大學院級學術委員會章程的指導意見（試行）》，有效的發揮了學術委員會的職責，進一步推動校院兩級的管理改革。

學校逐步調整辦學結構，2004年，率先成立自然保護區學院，并于2007年創辦有特色的環境學院，為特色專業的搶先發展奠定了堅實的基礎；學校多次調整機構設置，成立發展規劃處、實驗室與設備管理處、黨委研工部、校友工作辦公室等機構。

學校搶抓國家推進生態文明建設、支持行業性高校發展等重大機遇，廣泛爭取外部資源，在全國農林院校中首批進入“國家優勢學科創新平臺”建設高校行列，2010年獲得了教育部和國家林業局共建支持。2011年參與發起成立北京高科大學聯盟，搭建產學研和開發辦學的廣闊平臺，新建國家能源非糧生物質原料研發中心，為學校發展開辟新的增長點。（A19）