進入新世紀以來，學校從制度入手，深化管理改革。學�？茖W謀劃發(fā)展藍圖，先后制定了《北京林業(yè)大學校園建設規(guī)劃》（2003年），《北京林業(yè)大學“十一五”發(fā)展規(guī)劃》（2007年），《北京林業(yè)大學“十二五”發(fā)展規(guī)劃》（2011年）以及《北京林業(yè)大學中長期發(fā)展規(guī)劃（2006年-2020年）》。在科學決策方面，學校堅持黨委領導下的校長負責制，出臺了《黨委行政工作制度》、《實施領導班子“三重一大”集體決策制度的規(guī)定》。在規(guī)范管理方面，學校出臺了《北京林業(yè)大學科技管理辦法（試行）》（2005年），《北京林業(yè)大學產(chǎn)業(yè)規(guī)范化建設實施方案》（2006年），《北京林業(yè)大學固定資產(chǎn)管理辦法》（2006年），《北京林業(yè)大學知識產(chǎn)權(quán)保護管理規(guī)定（試行）》（2006年），《北京林業(yè)大學采購大宗貨物、工程和服務招標管理辦法（試行）》（2007年），《北京林業(yè)大學“優(yōu)勢學科創(chuàng)新平臺項目”建設管理辦法》（2008年），《北京林業(yè)大學“211工程”建設項目管理實施辦法》（2009年），《北京林業(yè)大學科技成果轉(zhuǎn)化管理辦法（試行）》（2011年）。在民主辦學方面，學校在校務公開廣泛開展的基礎上，統(tǒng)籌協(xié)調(diào)推進信息公開、校務公開和黨務公開，制定了《北京林業(yè)大學教代會聽證會議制度》（2006年），《北京林業(yè)大學信息發(fā)布會制度》（2006年），《北京林業(yè)大學信息公開實施辦法（試行）》（2010年），《北京林業(yè)大學關(guān)于印發(fā)信息公開有關(guān)工作規(guī)范和流程、做好信息公開工作的通知》（2010年），《北京林業(yè)大學關(guān)于進一步推進院務公開工作的實施意見》（2010年）2005年，學校還對全校規(guī)章制度進行了清理，收集562份，保留276份，廢止100份，并選擇238份規(guī)章制度匯集成《北京林業(yè)大學規(guī)章制度選編》，從制度上規(guī)范學校重大事項的運行。

學校進一步落實教授治學，健全校、院兩級學術(shù)委員會，分別于2005年和2010年兩次調(diào)整學術(shù)委員會，2010年出臺《北京林業(yè)大學學術(shù)委員會章程(試行)》、《北京林業(yè)大學學術(shù)委員會工作細則（試行）》、《關(guān)于制定北京林業(yè)大學院級學術(shù)委員會章程的指導意見（試行）》，有效的發(fā)揮了學術(shù)委員會的職責，進一步推動校院兩級的管理改革。

學校逐步調(diào)整辦學結(jié)構(gòu)，2004年，率先成立自然保護區(qū)學院，并于2007年創(chuàng)辦有特色的環(huán)境學院，為特色專業(yè)的搶先發(fā)展奠定了堅實的基礎；學校多次調(diào)整機構(gòu)設置，成立發(fā)展規(guī)劃處、實驗室與設備管理處、黨委研工部、校友工作辦公室等機構(gòu)。

學校搶抓國家推進生態(tài)文明建設、支持行業(yè)性高校發(fā)展等重大機遇，廣泛爭取外部資源，在全國農(nóng)林院校中首批進入“國家優(yōu)勢學科創(chuàng)新平臺”建設高校行列，2010年獲得了教育部和國家林業(yè)局共建支持。2011年參與發(fā)起成立北京高科大學聯(lián)盟，搭建產(chǎn)學研和開發(fā)辦學的廣闊平臺，新建國家能源非糧生物質(zhì)原料研發(fā)中心，為學校發(fā)展開辟新的增長點。（A19）