北京林業大學始終堅持黨的教育方針和社會主義辦學方向，圍繞國家經濟社會發展和行業建設的需求，按照高等教育發展規律，不斷調整辦學目標定位，通過加強學科建設，著力科技創新，充實人才隊伍，完善體制機制，進一步增強了核心競爭力，推動學校事業科學發展、協調發展，為實現建設研究型大學的戰略目標打下堅實的基礎。

2000年以來，學校成為教育部直屬高校，實行教育部、國家林業局共建管理體制，這對學校發展提出了新的要求。學校主動適應形勢需要，圍繞“建設什么樣的北京林業大學”和“如何建設北京林業大學”兩個根本問題，適時調整辦學思路，積極處理好管理隸屬關系轉變后的各種問題，實現平穩過渡，及時制定了以擴大辦學規模為主線的“規模、質量、特色、效益”辦學方針；在招生規模基本穩定后，又果斷將辦學方針調整為“質量、結構、特色、效益”的八字方針，突出“質量第一”，走內涵發展的建設道路。

2002年學校成功舉辦建校五十周年慶祝活動，此后學校進入了嶄新的質量發展階段。2004年，學校領導班子根據科學發展觀的要求，在全校范圍內開展“樹立和落實科學發展觀”大討論，進一步明確定位，統一思想。學校于2004年底兩次召開“發展戰略院士論壇”，邀請14位兩院院士為學校的發展戰略把脈，為總體規劃把關。

2005年2月學校第九次黨代會正式提出了到2020年建設高水平研究型大學的奮斗目標，并制定了“三步走”的發展戰略構想，即經過15年左右的努力，使學校人才培養質量和科技創新能力有大幅度提高，特色和優勢學科的主要研究領域達到國際先進水平，若干新興交叉學科建設取得重大突破，學校整體辦學實力居全國農林院校前列，將學校建設成為一所以林學、生物學、林業工程學為特色，理工文管經法藝等學科協調發展的國際知名、國內高水平的多科性、研究型大學。

2006年，學校強化走內涵發展的道路，落實“育人為本，創新為魂”的辦學指導思想，凸顯以學科建設為龍頭，提升教學質量為核心,以人才強校戰略為支撐，以管理改革為動力，學校核心競爭力得到了全面提升。

2007年，學校制定了《北京林業大學十一五發展規劃》，明確提出了“十一五”的總體發展目標是：將學校建設成為具有鮮明林業特色的多科性研究教學型大學。

2009年，學校以學習實踐科學發展觀活動為契機，深刻審視學校辦學發展路徑，根據學校所處的向研究型大學邁進的歷史時期的迫切需求和責任使命，匯聚師生共識，明確提出“引領生態文明，建設高水平林業大學”的發展方向，邁出了建設研究型大學的堅實一步。

2011年，學校成功召開第十屆黨代會，在充分貫徹落實國家教育、科技和人才中長期發展規劃綱要的基礎上，進一步拓展第九次黨代會“三步走”戰略構想，明確提出，到2020年的奮斗目標是：努力把學校建設成為國際知名、特色鮮明、高水平研究型大學，若干優勢學科進入國際知名行列，學校核心競爭力和社會貢獻度大幅提升。提出五年之內在辦學核心競爭力指標方面，力爭全面超越“十一五”期間所取得的成績，具體目標是“確保三項領先、實現四大突破、做到五個提升”。確保三項領先：學科整體實力在同類高校中領先；部分優勢學科和專業國際領先；黨建思政工作保持北京高校領先水平。實現四大突破：國家重點實驗室建設實現突破；高層次人才建設實現突破；辦學條件建設實現突破；學校內部管理體制機制改革實現突破。做到五個提升：本科生和研究生教育教學水平進一步提升；科技成果產出、轉化及服務社會能力顯著提升；國際化辦學水平穩步提升；綠色大學文化建設有效提升；教職工收入水平進一步提升。（A19）