佳木斯大學是1995年6月27日，經原國家教委批準，由佳木斯醫學院、佳木斯工學院、佳木斯師范專科學校和原佳木斯大學四所學校合并組成。1996年11月15日，省委任命張少杰為黨委書記、呂學詵為校長，組成新佳木斯大學領導班子。1996年11月21日，佳木斯大學正式掛牌啟動。2000年5月、2003年5月、12月佳木斯市糧食干校、富錦師范學校、黑龍江省理工學校相繼并入。