歷史沿革。我校創(chuàng)建于1949年，時稱華東軍區(qū)人民醫(yī)學(xué)院。1950年改稱上海軍醫(yī)大學(xué)。1951年7月正式定名為第二軍醫(yī)大學(xué)。
    整體實力。學(xué)校是國家“211工程”和軍隊“2110工程”重點建設(shè)院校，是軍隊3所設(shè)置研究生院的單位之一，是全國11所開辦八年制醫(yī)學(xué)教育的院校之一，是36個“國家生命科學(xué)與技術(shù)人才培養(yǎng)基地”之一，是我軍唯一的外軍醫(yī)學(xué)留學(xué)生培訓(xùn)基地。
    體制編制。機(jī)關(guān)設(shè)四部一院（訓(xùn)練部、政治部、校務(wù)部、科研部和研究生院），下轄一部（基礎(chǔ)部）、六系（海軍醫(yī)學(xué)系、藥學(xué)系、衛(wèi)生勤務(wù)學(xué)系、護(hù)理系、中醫(yī)系、外訓(xùn)系）、研究生管理大隊、3所附屬醫(yī)院、5個干休所。
    人才培養(yǎng)。學(xué)校的主要培訓(xùn)層次有研究生教育、本科生教育、任職教育和留學(xué)生教育等。開設(shè)長學(xué)制醫(yī)學(xué)教育（七、八年制）、臨床醫(yī)學(xué)（五年制）、海軍臨床醫(yī)學(xué)（五年制）、麻醉學(xué)（五年制）、藥學(xué)（四年制）、護(hù)理學(xué)（四年制）、公共事業(yè)管理（四年制）、生物技術(shù)（四年制）、中醫(yī)學(xué)（五年制）等9個專業(yè)。校黨委始終堅持教學(xué)工作的中心地位不動搖、教學(xué)改革的核心地位不動搖、教學(xué)基本建設(shè)的優(yōu)先地位不動搖，穩(wěn)步推進(jìn)教學(xué)改革，狠抓教學(xué)質(zhì)量建設(shè)。“十五”以來，共獲得國家教學(xué)成果獎3項，軍隊教學(xué)成果一等獎3項、二等獎9項。先后有10篇研究生論文入選“全國百篇優(yōu)秀博士學(xué)位論文”。
    學(xué)科水平。實施了“1272”學(xué)科建設(shè)工程，大力推進(jìn)學(xué)科建設(shè)。現(xiàn)有國家重點學(xué)科一級學(xué)科2個（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、藥學(xué)），二、三級學(xué)科26個，軍隊“2110工程”重點建設(shè)學(xué)科3個（航海醫(yī)學(xué)、軍事生物工程和野戰(zhàn)內(nèi)科學(xué)），總后“530工程”重點建設(shè)學(xué)科2個（軍隊衛(wèi)生勤務(wù)學(xué)和野戰(zhàn)護(hù)理學(xué)），上海市重點學(xué)科7個。現(xiàn)有博士后流動站6個，博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科6個，博士學(xué)位授權(quán)二、三級學(xué)科61個，碩士學(xué)位授權(quán)二、三級學(xué)科78個；學(xué)位授權(quán)學(xué)科涉及醫(yī)學(xué)、法學(xué)、教育學(xué)、文學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、管理學(xué)7大門類，基本覆蓋學(xué)校現(xiàn)有學(xué)科專業(yè)，覆蓋率達(dá)到95.7%。現(xiàn)有國家重點實驗室1個：醫(yī)學(xué)免疫學(xué)；教育部重點實驗室1個：分子神經(jīng)生物學(xué)。擁有全軍重點實驗室10個，其中免疫與基因治療實驗室、生物信號轉(zhuǎn)導(dǎo)實驗室和藥物化學(xué)實驗室被評為全軍“重中之重”重點建設(shè)實驗室。
    師資隊伍。實施了“5511”人才建設(shè)工程，全面推行科室主任聘任制。科技干部隊伍中，有兩院院士4名（中科院院士：吳孟超、陳宜張，工程院院士：曹雪濤、王紅陽），“長江學(xué)者獎勵計劃”特聘教授4名（曹雪濤、王紅陽、夏照帆、何成）、“973”首席科學(xué)家3名（曹雪濤、郭亞軍、潘衛(wèi)慶），榮獲全軍專業(yè)技術(shù)重大貢獻(xiàn)獎和軍隊專業(yè)技術(shù)人才獎4人（吳孟超、廖萬清、曹雪濤、李兆申），國家有突出貢獻(xiàn)中青年專家6名（戚中田、朱明學(xué)、張寶仁、廖萬清、賈連順、侯春林）、“百千萬人才工程”國家級人選5名（曹雪濤、戚中田、何成、夏照帆、楊甲梅）、“中國青年科技獎”5名（曹雪濤、何成、章衛(wèi)平、蔣春雷、張衛(wèi)東）、總后“三星”人才41名、一代名師和伯樂獎22名，上海市醫(yī)學(xué)領(lǐng)軍人物9名。博士生導(dǎo)師184名，碩士生導(dǎo)師414名。
    科技創(chuàng)新。學(xué)校積極推進(jìn)科研管理體制改革和機(jī)制創(chuàng)新，加強(qiáng)重大、重點項目的研究和聯(lián)合攻關(guān)，著力活躍學(xué)術(shù)氛圍，促進(jìn)了科研規(guī)模、水平、效益的持續(xù)發(fā)展。近三年，學(xué)校共承擔(dān)各類縱向科研課題653項，經(jīng)費(fèi)2.1億多元。其中，承擔(dān)國家自然科學(xué)基金面上項目270項，重點、重大項目6項。共獲軍隊級（含省部級）以上科技成果獎共196項。其中國家最高科學(xué)技術(shù)獎1項，國家自然科學(xué)二等獎1項，國家技術(shù)發(fā)明二等獎1項，國家科技進(jìn)步二等獎2項，上海市自然科學(xué)一等獎1項，上海市科技進(jìn)步一等獎6項，軍隊醫(yī)療成果獎一等獎5項，中華醫(yī)學(xué)科技一等獎1項，上海市醫(yī)學(xué)科技一等獎4項，軍隊科技進(jìn)步二、三等獎36項，軍隊醫(yī)療成果二、三等獎70項。
    醫(yī)院建設(shè)。學(xué)校附屬長海、長征和東方肝膽外科醫(yī)院以“救死扶傷，服務(wù)軍民”為宗旨，堅持科技興院、質(zhì)量建院、從嚴(yán)治院、勤儉辦院，醫(yī)院整體建設(shè)水平在軍內(nèi)外領(lǐng)先，目前，共展開床位3500余張，年收治病人6萬多人次，年門急診量達(dá)200多萬人次。在醫(yī)療特色上，肝膽外科、胸心外科、燒傷外科、骨科、神經(jīng)外科、泌尿外科等傳統(tǒng)特色更加鮮明，并在肝臟、腎臟等器官移植術(shù)，前列腺疾病微創(chuàng)治療術(shù)，以及胰腺疾病、血管病、血液病、真菌病診治技術(shù)等方面形成新的特色。目前，三所附屬醫(yī)院共有10個全軍醫(yī)學(xué)研究所，10個全軍醫(yī)學(xué)專科（專病）中心，3個國家中醫(yī)藥管理局重點專科（專病）中心，4個上海市臨床醫(yī)學(xué)中心。三所醫(yī)院均為三級甲等醫(yī)院，長海醫(yī)院榮獲“全國百佳醫(yī)院”稱號，長征醫(yī)院在全軍開展的優(yōu)質(zhì)服務(wù)競賽中連續(xù)三屆榮獲“白求恩杯”，東方肝膽外科醫(yī)院已發(fā)展成為國家軍隊知名的專科醫(yī)院。
    

    臨床醫(yī)學(xué)、海軍臨床醫(yī)學(xué)、臨床精神衛(wèi)生學(xué)、藥學(xué)、麻醉學(xué)、護(hù)理學(xué)、衛(wèi)生事業(yè)管理學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗學(xué)、放射技術(shù)、醫(yī)學(xué)實驗技術(shù)

    現(xiàn)有國家重點實驗室1個：醫(yī)學(xué)免疫學(xué)；教育部重點實驗室1個：分子神經(jīng)生物學(xué)。擁有全軍重點實驗室10個，其中免疫與基因治療實驗室、生物信號轉(zhuǎn)導(dǎo)實驗室和藥物化學(xué)實驗室被評為全軍“重中之重”重點建設(shè)實驗室。

    師資隊伍。實施了“5511”人才建設(shè)工程，全面推行科室主任聘任制。科技干部隊伍中，有兩院院士4名（中科院院士：吳孟超、陳宜張，工程院院士：曹雪濤、王紅陽），“長江學(xué)者獎勵計劃”特聘教授4名（曹雪濤、王紅陽、夏照帆、何成）、“973”首席科學(xué)家3名（曹雪濤、郭亞軍、潘衛(wèi)慶），榮獲全軍專業(yè)技術(shù)重大貢獻(xiàn)獎和軍隊專業(yè)技術(shù)人才獎4人（吳孟超、廖萬清、曹雪濤、李兆申），國家有突出貢獻(xiàn)中青年專家6名（戚中田、朱明學(xué)、張寶仁、廖萬清、賈連順、侯春林）、“百千萬人才工程”國家級人選5名（曹雪濤、戚中田、何成、夏照帆、楊甲梅）、“中國青年科技獎”5名（曹雪濤、何成、章衛(wèi)平、蔣春雷、張衛(wèi)東）、總后“三星”人才41名、一代名師和伯樂獎22名，上海市醫(yī)學(xué)領(lǐng)軍人物9名。博士生導(dǎo)師184名，碩士生導(dǎo)師414名。